案卷整理归档的原则主要遵循以下几个方面：

一、遵循文件形成规律，保持文件之间有机联系

文件的形成有其自身的规律和特点，不同的机关或部门，尽管其职责和业务范围各不相同，但各项职能活动总是存在着各方面的联系。这种联系既能反映出机关职能活动的历史面貌，同时也符合人们查找利用档案的心理预期，为检索提供了线索。因此，在整理归档时，必须遵循文件的形成规律，确保文件之间的有机联系不被破坏。

二、区分不同价值

不是所有办理完毕的文件材料都需要整理归档，而是要依照国家有关规定，区分归档范围内不同文件的价值，并确定不同的保管期限。这样做既有利于节省存储空间，又能确保重要文件的长期保存和可追溯性。

三、便于保管和利用

这是归档文件整理最基本的原则，也是检验归档文件整理方法实用性的唯一标准。整理归档的目的是为了更好地保管和利用文件，因此必须确保整理后的文件易于保管、查找和利用。这要求我们在整理过程中，要合理安排文件的分类、编号和存放位置，以便日后能够迅速、准确地找到所需文件。

四、材料收集齐全

对于案件卷宗等特定类型的档案，必须确保所有相关材料都已收集齐全，包括但不限于办案依据、初步核实材料、立案报告、调查报告、证明材料、案件处理决定等。只有材料齐全，才能完整反映案件的全貌，为后续的查阅和利用提供便利。

五、遵循“谁办理，谁立卷”的原则

这一原则强调了责任明确，即谁负责办理案件，谁就负责整理立卷。这样做可以确保整理工作的及时性和准确性，避免因为责任不清而导致整理工作的延误或遗漏。

六、案结卷成

案件办理完毕后，应及时整理立卷，形成完整的案卷。这既是对案件办理工作的总结，也是为后续查阅和利用提供便利的重要措施。

七、集中统一管理

归档的案件材料应集中统一管理，确保档案的安全和完整。这要求我们有专门的档案存储空间和专业的档案管理人员，以及完善的档案管理制度和流程。

综上所述，案卷整理归档的原则是一个综合性的体系，既包括了文件形成规律和价值的考量，也包括了便于保管和利用的实际需求，以及材料收集齐全、责任明确和集中统一管理等具体要求。只有遵循这些原则，才能确保归档工作的规范性和有效性。