新能源汽车自燃时，保险公司是否会赔偿，主要取决于车主是否购买了自燃损失附加险。以下是对这一问题的详细解答：

一、自燃损失附加险的重要性

1. 保险责任：自燃险是一种附加险种，它覆盖因车辆自燃导致的直接财产损失和合理施救费用。如果车主购买了自燃损失附加险，那么在车辆发生自燃事故时，保险公司将按照合同约定进行赔偿。

2. 赔偿范围：自燃险的赔偿范围主要包括自燃导致的车辆自身财产损失，以及被保险人为了防止和减少车辆财产损失而支付的必要且合理的施救费用。

二、未购买自燃损失附加险的情况

如果车主没有购买自燃损失附加险，那么车辆发生自燃事故时，保险公司通常不会承担赔偿责任。这是因为自燃险是一种附加险种，需要车主主动购买才能享受相关保障。

三、免责事项和间接经济损失

1. 免责事项：自燃险合同中通常会明确列出一些责任免除事项，如因改装、未按规定保养等导致的自燃，保险公司将不予赔偿。车主在购买自燃险时，应仔细阅读合同条款，了解清楚免责范围。

2. 间接经济损失：自燃险只赔偿因自燃导致的直接财产损失和合理施救费用，不包括由自燃引发的间接经济损失，如停运损失、贬值损失等。

四、建议与总结

1. 购买建议：鉴于新能源汽车自燃的风险，建议车主在购买车险时考虑添加自燃损失附加险，以增加对车辆的保障。

2. 仔细阅读合同条款：在购买自燃险时，车主应仔细阅读合同条款，了解清楚保障范围、免责事项和赔偿标准，以确保在需要时能够得到有效的赔偿。

综上所述，新能源汽车自燃时保险公司是否会赔偿，关键在于车主是否购买了自燃损失附加险。如果购买了该险种，并且自燃事故符合赔偿范围，那么保险公司将按照合同约定进行赔偿。如果未购买该险种，则保险公司通常不会承担赔偿责任。因此，车主在购买车险时应充分考虑自燃风险，并根据自身需求选择合适的险种。