对于“贷款逾期了扣了房地产保证金是否合法”的问题，这确实是一个涉及多个法律领域的复杂议题，需要从合同约定、法律规定以及扣除数额的合理性三个维度来综合考量。
一、从合同约定的角度来看
若合同中有明确约定：
- 在购房者与开发商的购房合同，或是开发商与银行之间的合作协议中，如果明确规定了当贷款逾期时，银行或相关机构有权扣除开发商的保证金，那么这种扣除行为是基于双方自愿达成的合同条款，因此是合法的。
- 合同作为法律协议，只要其内容不违反法律法规的强制性规定，并且双方均是在自愿、平等、公平的基础上签订的，那么各方就应当严格按照合同约定来履行。
若合同无约定或约定不明：
- 如果相关合同中并未就贷款逾期时扣除保证金作出明确规定，或者约定内容模糊不清、存在歧义，那么银行或相关机构擅自扣除开发商保证金的行为就缺乏合同依据，属于不合法行为。
- 在这种情况下，开发商如果认为自己的权益受到了侵害，可以通过协商、调解或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
二、从法律规定的角度来看
如果符合担保法律规定：
- 如果开发商为购房者的贷款提供的保证金符合担保法的相关规定，比如采用了保证、质押等担保形式，并且手续完备、合法有效，那么在购房者贷款逾期时，银行或相关机构依法扣除保证金是合法的。
- 例如，在质押关系中，如果开发商将保证金存入特定账户并移交给银行占有作为担保，当购房者出现贷款逾期时，银行就有权依法就该保证金优先受偿。
如果违反法律规定：
- 如果银行或相关机构扣除保证金的行为违反了法律的强制性规定，比如扣划了专款专用的资金，或者未遵循法定的程序（如未提前通知、未给予合理的异议期等），那么这种扣除行为就是违法的。
- 在这种情况下，开发商可以依法追究银行或相关机构的法律责任，维护自己的合法权益。
三、从扣除数额的合理性的角度来看
- 在判断扣除保证金行为的合法性时，还需要考虑扣除的数额是否合理，是否超过了开发商因购房者贷款逾期所遭受的实际损失。
- 如果扣除的数额过高，超出了实际损失的范围，那么即使合同中有相关约定，也可能因为显失公平而被认定为不合法。
综上所述，贷款逾期时扣除房地产保证金是否合法，并不能一概而论，而是需要根据具体的合同约定、法律规定以及扣除数额的合理性来综合判断。如果您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的律师以获取更准确的法律意见和解决方案。