银行贷款逾期后扣除本金是否合法，需分情况讨论：

1. 合同有明确约定
   若贷款合同中明确约定“逾期后银行有权直接扣除本金”，且该条款不违反法律强制性规定（如未加重借款人责任、排除借款人权利），则银行扣除本金的行为具有合法性。
   法律依据：根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，当事人应按约定履行义务。若合同条款合法有效，银行可依据约定主张权利。

2. 合同无明确约定，但银行单方扣除
   若合同未约定扣除本金，银行未经借款人同意单方扣除，可能涉嫌违法。此时需进一步分析：

   • 银行是否履行通知义务：若银行在扣除前未通知借款人（如未发送逾期提醒、扣除通知），可能侵犯借款人知情权，扣除行为可能被认定为无效。
     
   • 扣除金额是否合理：即使合同允许扣除，若银行扣除金额超过实际逾期本金、利息及合理违约金范围，超出部分可能被认定为不当得利，借款人可要求返还。
     法律依据：根据《民法典》第六百七十五条，借款人应按约定期限返还借款；第六百七十六条，借款人逾期应支付逾期利息。但银行行使权利需以合同约定为前提，且不得违反公平原则。

3. 银行通过诉讼或仲裁主张权利
   若借款人逾期且拒绝还款，银行通常需通过诉讼或仲裁程序确认债权，再申请强制执行。此时法院可能根据合同约定、实际损失等因素判决借款人偿还本金、利息及违约金。
   例外情形：若合同存在显失公平、欺诈等情形，借款人可主张撤销或变更合同条款。

法律建议：

• 核对合同条款：首先检查贷款合同中是否约定“逾期扣除本金”及具体条件（如通知方式、扣除范围）。
  
• 保留证据：若银行单方扣除，保存还款记录、合同文本、沟通记录等证据，以备维权。
  
• 协商或诉讼：若认为扣除行为违法，可先与银行协商；协商不成，可向法院起诉要求返还超额扣除部分或确认扣除无效。
  

风险提示：
银行贷款逾期可能影响个人征信，且逾期利息、违约金可能随时间累积增加还款压力。建议借款人优先与银行沟通还款计划，避免纠纷升级。

如有具体合同条款或扣除情况需分析，可直接向我咨询。