车贷逾期扣保证金是否合法，需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形
合同有明确约定：
- 如果在车贷合同中，贷款机构与借款人明确约定了逾期还款时贷款机构有权扣除保证金作为违约金或损失赔偿，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么贷款机构在借款人逾期时扣除保证金是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
保证金性质符合法律规定：
- 保证金若作为借款合同履行的担保，其性质应明确为担保性质，且数额应合理，不得过高。若保证金数额合理，且用于担保借款人按时还款，那么在借款人逾期时，贷款机构扣除保证金作为违约处理是合法的。
非法情形
合同无约定或约定不明确：
- 如果车贷合同中未明确约定逾期还款时贷款机构可以扣除保证金，或者约定不明确，那么贷款机构在借款人逾期时擅自扣除保证金可能是非法的。
- 法律后果：借款人可以要求贷款机构返还被扣除的保证金，并可能要求贷款机构承担违约责任。
保证金数额过高：
- 如果合同中约定的保证金数额过高，显失公平，那么贷款机构在借款人逾期时扣除全部或部分高额保证金可能是非法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，约定的违约金过分高于实际造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
贷款机构未履行告知义务：
- 如果贷款机构在与借款人签订合同时，未以合理的方式提示借款人注意保证金条款，或者未按照借款人的要求对该条款进行说明，那么该条款可能不成为合同的内容，贷款机构在借款人逾期时扣除保证金可能是非法的。
- 法律后果：借款人可以主张该保证金条款不成为合同的内容，并要求贷款机构返还被扣除的保证金。
实际操作建议
对于借款人：
- 在签订车贷合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于保证金和违约金的约定部分，确保自己充分了解并接受相关内容。
- 如果认为贷款机构要求的保证金数额不合理或过高，或者贷款机构未履行告知义务，可以依法提出异议，并要求调整或删除相关条款。
对于贷款机构：
- 在设定保证金条款时，应确保其合法性、合理性和明确性，避免因条款设置不当而引发法律纠纷。
- 在与借款人签订合同时，应履行告知义务，确保借款人充分了解并接受保证金条款的内容。
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