结论：银行从车贷合作商户扣保证金给逾期客户代偿这一行为，其合法合规性需结合具体情况分析，不能一概而论。以下从不同角度进行详细阐述：
一、合法性分析
合同约定角度：
- 如果银行与车贷合作商户在合作协议中明确约定了保证金条款，包括保证金的缴纳、使用、扣划等具体事项，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么银行在客户逾期时，按照协议约定从合作商户的保证金中扣划资金用于代偿，是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。
法律法规角度：
- 银行作为金融机构，其业务操作需严格遵守国家金融法律法规的规定。如果相关法律法规对银行扣划保证金用于代偿的行为没有明确禁止，且该行为不损害国家、社会公共利益或第三人合法权益，那么该行为在法律法规层面是合法的。
- 注意点：需关注具体法律法规的变动，因为金融法规可能会随着市场环境和监管需求的变化而调整。
二、合规性分析
内部合规管理角度：
- 银行应建立完善的内部合规管理制度，确保业务操作符合监管要求和内部规定。如果银行在扣划保证金用于代偿时，遵循了内部合规流程，如进行了必要的审批、记录等，那么该行为在合规性方面是可靠的。
- 实践建议：银行应定期对内部合规管理制度进行审查和更新，以适应市场变化和监管要求。
监管要求角度：
- 银行作为金融机构，受到银保监会等监管机构的严格监管。如果银行扣划保证金用于代偿的行为符合监管机构的相关要求，如及时报告、信息披露等，那么该行为在监管层面是合规的。
- 风险提示：银行应密切关注监管机构的政策动态，确保业务操作始终符合最新监管要求，避免因违规操作而受到处罚。
三、可能存在的风险及建议
合作商户风险：
- 如果银行未经合作商户同意或未按照协议约定扣划保证金，可能引发合作商户的不满和纠纷，甚至导致合作关系的破裂。
- 建议：银行在扣划保证金前，应与合作商户进行充分沟通，确保双方对扣划行为达成一致意见，并按照协议约定进行操作。
客户风险：
- 虽然银行扣划保证金用于代偿可以减轻逾期客户的还款压力，但如果客户认为银行的行为侵犯了其合法权益（如认为保证金扣划不合理、未及时通知等），可能引发客户投诉或诉讼。
- 建议：银行在扣划保证金后，应及时通知客户，并解释扣划的原因和依据，以维护客户的知情权和合法权益。
法律风险：
- 如果银行扣划保证金的行为违反了相关法律法规或合同约定，可能面临法律诉讼和行政处罚等风险。
- 建议：银行应加强对相关法律法规和合同约定的学习和理解，确保业务操作始终在法律框架内进行。
总结与进一步思考：银行从车贷合作商户扣保证金给逾期客户代偿的合法合规性需结合具体情况分析。在实际操作中，银行应严格遵守相关法律法规和合同约定，加强内部合规管理，确保业务操作的合法性和合规性。同时，银行也应关注合作商户和客户的反馈和需求，不断优化业务流程和服务质量。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。