结论前置：医院科室扣钱制度的合法性需根据具体情况判断。一般情况下，未经合法程序制定的罚款是不合法的。员工在面临不合理罚款时，有权向相关部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。

详细分析：

1. 罚款权力的法律界定：

   • 罚款作为一种行政处罚权，其行使主体必须是具备行政处罚权的行政机关或法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织。医院科室并不属于这些主体，因此不具备法定的罚款权力。

2. 劳动法律关系下的管理手段：

   • 医院与员工之间建立的是劳动关系，医院对员工的管理应当遵循劳动法律法规。对于员工违反医院规章制度的行为，医院可以采取的管理手段包括批评教育、警告、绩效扣分等，而直接罚款并非合法的劳动管理手段。

3. 规章制度的合法性与合理性考量：

   • 若医院制定了相关规章制度，并且这些规章制度经过了合法程序（如民主程序）的制定、公示，且内容合理、不违背法律法规，那么在这些规章制度中可能规定了对某些行为的合理赔偿或类似措施。但这并不构成严格意义上的“罚款”，而是在一定条件下的经济补偿。
   • 例如，若员工因疏忽导致医疗设备损坏，且医院规章制度中明确规定需按设备折旧等情况进行赔偿，且赔偿金额在合理比例内，这种赔偿可能是合法的。但这种情况下，赔偿的合理性仍需根据具体情况判断。

4. 员工权益保护途径：

   • 面对科室的不合理罚款，员工首先应与科室及医院管理层沟通反映，要求纠正。
   • 若沟通无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供证据证明医院科室的罚款行为不合法或不合理。

综上所述，医院科室扣钱制度的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行综合判断。员工在面临此类问题时，应了解自己的权益和保护途径，并在必要时寻求专业法律帮助。若你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。