是的，违章建筑的处罚通常由自然规划局来执行。不过，具体的执法权限和程序可能会因地区和具体法规而有所差异。

详细来说，根据一些地方的政府文件，如《关于调整城乡规划行政处罚权主体的通知》，原属城管部门职能的私搭乱建、超面积违建等问题的行政处罚权，可能已经正式划入自然资源和规划部门统一行使。这意味着，自然规划局有权对违章建筑进行监管和处罚，包括责令停止建设、限期改正、罚款、拆除等措施。

然而，也需要注意到，在乡村规划区内，相关的处罚权可能由乡、镇人民政府行使。此外，对于非法占用土地进行建设的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门也有权进行处罚。

因此，虽然自然规划局是违章建筑处罚的主要执行部门，但在具体情况下，还需根据当地的法规和政府机构设置来确定具体的执法主体和程序。如果您面临相关的法律问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。