当自然规划局（现多归属自然资源和规划部门）鉴定某建筑为违建后，其处理流程通常遵循一系列严谨且法定的步骤，以确保认定的公正、合法与准确。以下是对这一处理流程的详细解释：

一、立案与初步核查

1. 发现线索：自然规划部门会通过日常巡查、群众举报等多种途径，发现可能的违建行为。
2. 初步核查：接到线索后，部门会派遣工作人员进行现场勘查，收集初步证据，如现场照片、视频等，以核实建筑的基本情况。
3. 决定立案：若初步确认存在违建嫌疑，部门将正式立案，并填写立案登记表，详细记录案件信息。

二、调查取证

1. 全面现场勘查：组织专业执法人员和技术人员使用测量工具对建筑进行精确测量，记录建筑的外观、结构、用途等详细信息。
2. 调查询问：依法对违建当事人及相关人员进行询问，制作询问笔录，并要求被询问人签字确认。
3. 广泛证据收集：除了现场勘查和询问笔录，还收集土地利用规划图、城乡规划图、建设工程规划许可证等相关审批文件，以全面评估建筑的合法性。

三、认定阶段

1. 案件审议：自然规划部门召开案件审议会议，对收集到的所有证据进行全面审查和分析。
2. 作出认定决定：根据审议结果，部门出具《违法建设认定书》或不予认定的决定，明确认定依据、事实和结论，并送达违建当事人。

四、告知与听证（如当事人要求）

1. 告知权利：向违建当事人送达《告知书》，明确其享有陈述、申辩和申请听证的权利及行使期限。
2. 听证程序：若当事人申请听证，自然规划部门依法组织听证会，听取当事人的观点和理由，进行质证和记录。

五、处理决定

1. 作出处理决定：基于认定结果和听证情况，自然规划部门作出最终处理决定。这可能包括责令限期拆除、改正并补办手续、罚款等。例如，根据《浙江省城乡规划条例》，对于擅自改变房屋用途的，部门可责令限期改正，并没收违法所得，对个人处以罚款。
2. 送达决定书：处理决定书会明确处理内容、执行期限和救济途径，并以书面形式送达当事人。

六、执行与监督

1. 执行处理决定：当事人在规定期限内未履行处理决定的，自然规划部门可采取强制执行措施或申请人民法院强制执行。
2. 持续监督检查：部门会对处理决定的执行情况进行监督，确保违法建设得到妥善处理。

七、结案归档

当整个处理流程完成后，自然规划部门会将案件资料整理归档，以便未来参考和处理类似案件。

当事人权益保障

在整个流程中，当事人有权提出陈述和申辩，提供反驳证据，并可在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

综上所述，自然规划局在鉴定违建后，会遵循一套严谨的处理流程，确保认定的公正性和合法性，同时也充分保障了当事人的合法权益。