结论前置：销售种子是否免税主要取决于销售者的身份和销售方式。农业生产者销售自产的种子免征增值税；其他一般纳税人销售种子则适用9%的增值税税率；增值税小规模纳税人销售种子，征收率为3%，但目前有政策减按1%征收率征收增值税。
详细分析：
免税情形：
- 根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条第一款，农业生产者销售的自产农产品（包括种子）免征增值税。这里的农业生产者指的是从事农业生产的单位和个人。如果制种企业利用自有土地或承租土地进行种子繁育，再经深加工后销售，也视同农业生产者销售自产农业产品，可免征增值税。
适用9%税率情形：
- 对于非农业生产者或制种企业销售种子，如果是一般纳税人，则按照销售“农产品”适用9%的增值税税率。这是因为种子在增值税应税货物分类中属于农产品类别。纳税人需分别核算不同税率的销售额，未能分别核算的，由主管税务机关核定货物的销售额，从而确定相应的增值税税率。
征收率3%（及减按1%）情形：
- 增值税小规模纳税人销售种子，原本征收率为3%。但根据最新政策，自2023年1月1日至2027年12月31日，增值税小规模纳税人适用3%征收率的应税销售收入，减按1%征收率征收增值税。
特殊场景：
- 对于个体户销售种子，如果其非自产而是批发、零售种子，则需按照小规模纳税人的征收率缴纳增值税，并享受相应的减税政策。同时，个体户还需就其经营所得缴纳个人所得税。
法律建议：
- 销售种子的主体应确保自身符合相关税收法规的要求，并妥善保留相关凭证和记录，以备税务部门核查。
- 在实际操作中，销售者应根据自身情况准确判断适用的税率，并确保合规纳税。如有任何疑问或需要进一步的税收咨询，请直接向我提问。