当个人所得税的应纳税所得额超过6万元时，税款的计算涉及多个步骤和因素。以下是一个详细、清晰的解答：

一、确定应纳税所得额

首先，需要计算应纳税所得额，这是计算个人所得税的基础。应纳税所得额的计算公式为：

应纳税所得额 = 年度综合所得收入额 - 6万元（基本减除费用） - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 依法确定的其他扣除

其中：

1. 年度综合所得收入额：包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得（需按特定比例计入），特许权使用费所得（也需按特定比例计入），以及其他可能涵盖的收入类型，但需注意并非所有收入都纳入综合所得计税范围。
2. 专项扣除：主要涉及个人按国家规定缴纳的社会保险费和住房公积金。
3. 专项附加扣除：涵盖子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人以及3岁以下婴幼儿照护等支出，具体扣除标准需依据相关政策。
4. 依法确定的其他扣除：如个人缴付的企业年金、职业年金，购买商业健康保险、税收递延型商业养老保险的支出等。

二、应用税率与速算扣除数

根据应纳税所得额，可以在个人所得税税率表中找到对应的税率和速算扣除数。税率表根据全年应纳税所得额的不同范围，划分了不同的税率档次。

三、计算应纳税额

使用以下公式计算应纳税额：

应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数

四、处理预缴税款

实际应缴纳的个人所得税还需考虑已预缴的税款。预缴税款是纳税人在一个纳税年度内按月或按季度预缴的个人所得税。年终汇算清缴时，如果预缴税款大于实际应纳税额，可以申请退税；如果预缴税款小于实际应纳税额，则需要补缴差额。

五、实例说明

假设小李全年综合所得收入额为15万元，三险一金等专项扣除1万元，有一个子女正在接受全日制学历教育，可享受每月1000元（全年12000元）的专项附加扣除，无其他扣除项目。那么：

1. 计算应纳税所得额：150000 - 60000 - 10000 - 12000 = 68000元。
2. 确定税率和速算扣除数：根据税率表，68000元对应的税率为10%，速算扣除数为2520元。
3. 计算应纳税额：68000 × 10% - 2520 = 4280元。

因此，小李全年应缴纳的个人所得税为4280元。

综上所述，当个人所得税的应纳税所得额超过6万元时，需要综合考虑应纳税所得额、适用税率、速算扣除数以及已预缴税款等因素，以确保准确计算并依法缴纳个人所得税。