当年个人所得税年收入超过12万元时，其计算方式需遵循《中华人民共和国个人所得税法》的规定。以下是详细的计算步骤和注意事项：

一、确定应纳税所得额

首先，需要明确综合所得的范围，包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得。接着，按照以下步骤计算应纳税所得额：

1. 从综合所得中减除每年6万元的基本费用（即每月5000元）。
2. 扣除居民个人按国家规定的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金，即专项扣除。
3. 扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等专项附加扣除。具体扣除标准如子女教育每个子女每月1000元，继续教育每月400元（最长48个月）或当年3600元（职业资格继续教育），大病医疗在医保目录范围内自付部分超过15000元的部分且最高不超过80000元，首套住房贷款利息支出每月1000元（最长240个月），住房租金根据城市不同每月扣除1500元、1100元或800元，赡养老人独生子女每月2000元，非独生子女与兄弟姐妹分摊每人不超过每月1000元。
4. 扣除其他依法确定的项目，如企业年金、职业年金、商业健康保险、税收递延型商业养老保险等支出。

计算公式为：应纳税所得额 = 年收入额 - 基本减除费用 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 其他依法确定的扣除。

二、查找适用税率和速算扣除数

根据个人所得税综合所得的七级超额累进税率表，应纳税所得额对应的税率和速算扣除数如下：

三、计算应纳税额

使用公式：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数，即可计算出应纳税额。

四、实例分析

案例一：某纳税人年度综合所得收入额为20万元，专项扣除为2万元，专项附加扣除为1.2万元（一个子女正在接受全日制学历教育），无其他扣除项目。计算如下：

• 应纳税所得额 = 200000 - 60000 - 20000 - 12000 = 108000元
• 对应税率10%，速算扣除数2520元
• 应纳税额 = 108000 × 10% - 2520 = 8280元

案例二：若不考虑专项附加扣除和社保扣除，年薪12万的计算如下：

• 应纳税所得额 = 120000 - 60000 = 60000元
• 对应税率10%，速算扣除数2520元
• 但需分段计算，前36000元按3%税率，剩余24000元按10%税率
• 应纳税额 = (36000 × 3%) + (24000 × 10%) = 1080 + 2400 = 3480元

五、注意事项

• 确保所有扣除项目均依法确定并留存相关凭证。
• 年收入超过12万时，采用累计预扣法计算应纳税额，即按月累计收入计算。
• 按时完成个人所得税的申报和缴纳，遵守税法规定，避免漏报或迟报。
• 税法可能有所调整，建议咨询专业税务人员或机构以获取最新信息和准确计算方式。

综上所述，当年收入超过12万元时，应严格按照税法规定计算应纳税所得额、查找对应税率和速算扣除数，并最终得出应纳税额。同时，注意保留相关凭证和按时完成申报缴纳工作。