当年个人所得税年收入超过12万元时，其计算方式需遵循《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定。以下是详细的计算步骤：

一、确定应纳税所得额

首先，需要明确综合所得的范围，包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，以及特许权使用费所得。接着，按照以下步骤计算应纳税所得额：

1. 基本减除费用：从综合所得中减除每年6万元的基本费用（即每月5000元）。

2. 专项扣除：扣除居民个人按国家规定缴纳的基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金。

3. 专项附加扣除：这包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等支出。具体扣除标准如下：

   • 子女教育：每个子女每月1000元。
   • 继续教育：学历（学位）继续教育每月400元（最长48个月），职业资格继续教育当年3600元。
   • 大病医疗：医保目录范围内自付部分超过15000元的部分，在80000元限额内据实扣除。
   • 住房贷款利息：首套住房贷款利息支出，每月1000元（最长240个月）。
   • 住房租金：根据城市不同，每月扣除标准为1500元、1100元或800元。
   • 赡养老人：独生子女每月2000元；非独生子女与兄弟姐妹分摊，每人不超过每月1000元。

4. 其他依法确定的扣除：如企业年金、职业年金、商业健康保险、税收递延型商业养老保险等支出。

计算公式为：应纳税所得额 = 年收入额 - 基本减除费用 - 专项扣除 - 专项附加扣除 - 其他依法确定的扣除

二、查找适用税率和速算扣除数

根据个人所得税综合所得的七级超额累进税率表，根据应纳税所得额的范围，查找对应的税率和速算扣除数。税率表如下：

三、计算应纳税额

使用公式：应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数，即可得出应纳税额。

实例分析

假设某纳税人年度综合所得收入额为20万元，缴纳的“三险一金”等专项扣除为2万元，有一个子女正在接受全日制学历教育，专项附加扣除为1.2万元，无其他扣除项目。则其应纳税所得额及应纳税额计算如下：

• 应纳税所得额 = 200000 - 60000 - 20000 - 12000 = 108000元
• 对应税率10%，速算扣除数2520元
• 应纳税额 = 108000 × 10% - 2520 = 8280元

注意事项

• 确保所有扣除项目均依法确定。
• 年收入超过12万时，通常采用累计预扣法计算应纳税额。
• 按时完成个人所得税的申报和缴纳，遵守税法规定。

综上所述，当年收入超过12万元时，应严格按照税法规定，通过准确计算应纳税所得额、查找对应税率和速算扣除数，最终得出应纳税额，并确保按时申报和缴纳。