在永久基本农田上建房子，原则上是一定会被拆除的。这是因为基本农田受到国家法律的严格保护，其用途被明确限定为农业生产，以保障国家的粮食安全和农业的可持续发展。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
基本农田的保护：
- 根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，基本农田是受到特殊保护的耕地，禁止任何单位和个人在基本农田保护区内进行非农业建设活动，包括建房。
违法建设的处理：
- 未经批准在基本农田上建房，属于违法行为。依据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，违法的建筑物将面临行政处罚，包括责令停止建设、限期拆除新建的建筑物和其他设施等。
二、拆除的必然性
严格执法：
- 由于基本农田的重要性，相关部门对违法建设行为通常会采取严格的执法措施，以确保基本农田的保护和合理利用。
法律后果：
- 违法建房者不仅面临拆除的风险，还可能被处以罚款，甚至在某些情况下被追究刑事责任。
三、特殊情况下的处理
尽管原则上应拆除，但在某些特殊情况下，可能会根据具体的政策和法律程序进行灵活处理：
合法审批：
- 如果建房行为经过了合法的农用地转用审批手续，并办理了相关建房规划许可等合法手续，那么在基本农田上建房是被允许的。但这种情况极为罕见，且审批程序极为严格。
历史遗留问题：
- 对于在相关法律法规明确禁止前已在基本农田上建房，且一直延续至今的情况，部分地区可能会根据实际情况进行调查核实，并在符合一定条件下，通过完善相关手续等方式来妥善处理。
公共利益需要：
- 在极少数情况下，如果因重大公共利益需要，且经过严格的审批程序，可能会允许在基本农田上进行一定的建设活动。但这种情况同样极为有限。
四、法律建议
严格遵守法律法规：
- 建议广大民众在进行任何建设活动前，务必了解并遵守相关的土地管理和规划法律法规，避免擅自占用基本农田或其他耕地进行建房活动。
依法申请宅基地：
- 如果需要建房，应遵循正规程序，向所在村庄或相关部门申请获得批准的宅基地进行施工，以确保建设活动的合法性和合规性。
综上所述，永久基本农田上建房子原则上是一定会被拆除的，这是为了保护基本农田的完整性和功能，确保国家的粮食安全和农业的可持续发展。因此，建议广大民众务必遵守相关法律法规，避免违法建房行为的发生。