要证明和母亲不在一个户口本上的亲属关系，可以尝试以下方法：

首先，最直接的方式是查找历史户籍档案。根据相关规定，如果曾经同户人员间的亲属关系，历史户籍档案等能够反映，那么原户籍地公安派出所应当依据户籍登记及变动轨迹信息出具相关证明。因此，你可以前往你和母亲曾经户籍所在地的派出所，申请查询历史户籍档案，以证明你们的亲属关系。

如果公安机关内部查无记录，或者你从未与母亲在同一户口本上登记过，那么你可以尝试通过其他途径来证明亲属关系。例如，你可以收集并提交你与母亲的出生医学证明、独生子女证、学籍档案、人事档案、单位证明等其他能够证明你们亲属关系的材料。这些材料可能需要经过相关部门的认证或公证，才能被正式认可。

如果上述方法都无法证明你们的亲属关系，那么你还可以考虑通过司法公正程序来确认。你可以咨询当地的公证处或律师事务所，了解具体的办理流程和所需材料，然后按照要求进行申请。

总的来说，证明和母亲不在一个户口本上的亲属关系需要综合考虑多种方法和途径。建议你根据具体情况选择合适的证明方式，并咨询当地相关部门或机构以获取更详细的指导和帮助。