骑摩托车扣分会扣汽车分，但具体影响取决于你的驾驶证类型及是否具备驾驶摩托车的资格。

在我国，驾驶证是按照准驾车型来管理的。如果你的驾驶证上同时包含了小车（如C1驾照）和摩托车（如E照或D照）的准驾车型，那么无论你驾驶哪种车型违反交通规则，扣分都会记录在这本统一的驾驶证上。因为驾驶证的记分周期和满分分值是统一的，即12个月为一个记分周期，满分为12分，所以骑摩托车扣分也会影响到你的汽车驾驶资格。

然而，如果你只持有小车驾驶证（如C1驾照），并没有增驾摩托车，那么骑摩托车违章将面临严重的法律后果。因为你不具备驾驶摩托车的资格，所以骑摩托车属于“与准驾车型不符”的违法行为。根据相关规定，你将被罚款、扣分（通常会扣掉C1驾驶证的分数，依据最新交规），并且摩托车可能会被扣留。更为严重的是，如果因此发生交通事故，保险公司可能会拒绝理赔，并且你可能需要承担刑事责任。

举例说明：

1. 如果你持有“C1E”合并驾驶证，骑摩托车闯红灯被记6分，之后驾驶小汽车再违法被记3分，那么在一个记分周期内，你的驾驶证总共被记9分。

2. 如果你只持有C1驾驶证，没有摩托车驾驶资格，骑摩托车被交警查到，你将面临罚款、扣分（如扣9分）以及摩托车被扣留的处罚。

法律建议：

• 在驾驶任何车辆之前，请务必确认自己的驾驶证是否具备相应的准驾车型。
• 如果需要驾驶摩托车，请尽快通过增驾考试，获得合法的摩托车驾驶资格。
• 严格遵守交通规则，确保自己和他人的安全。

法律依据：

• 《机动车驾驶证申领和使用规定》规定，道路交通安全违法行为累积记分周期（即记分周期）为12个月，满分为12分。对机动车驾驶人的道路交通安全违法行为，处罚与记分同时执行。
• 《道路交通安全法》等相关法律法规也对无证驾驶、与准驾车型不符等违法行为规定了相应的处罚措施。