摩托车驾驶证与汽车驾驶证在记分管理上是严格区分的，不能相互替代扣分。以下是对这一问题的详细解答：

首先，摩托车驾驶证和汽车驾驶证虽然合并在一本称为“机动车驾驶证”上，但两者准驾车型不同，具有独立的记分系统。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，驾驶人必须按照驾驶证上载明的准驾车型驾驶机动车。摩托车和小车属于不同的准驾车型，因此，驾驶人在驾驶其中一种车辆时发生交通违法行为，应当依据该准驾车型的驾驶证进行记分处理。

具体来说，如果一个人的驾驶证上同时有C1（汽车）和E（摩托车）准驾车型，他的驾驶证会体现为“C1E”。但在记分管理上，驾驶汽车或摩托车发生的交通违法行为都会记在这本统一的驾驶证上，但所记分数是分别累计计算的，并且会明确区分是哪一种准驾车型产生的违章记录。这意味着，驾驶摩托车时违章将只扣摩托车驾照的分，不影响汽车驾照的记分情况；反之亦然。

重要的是，如果驾驶人没有摩托车驾照而只有汽车驾照，却驾驶摩托车上路，这属于“准驾不符”的情况。根据相关规定，这将依法扣除汽车驾照12分，并可能面临其他相应的法律处罚。

此外，如果摩托车驾照罚款扣分在12分以内，并且积极处理、缴纳罚款，那么不会对汽车驾照产生影响。但是，如果扣分达到12分及以上，驾驶证就会被暂扣，期间驾驶人不能驾驶任何车辆。驾驶人需要去参加学习和考试，考试合格后才能拿回驾照并继续开车。

综上所述，摩托车驾驶证扣分不能使用汽车驾驶证来处理。驾驶人在日常行车过程中应严格遵守交通规则，确保行车安全，避免不必要的扣分和处罚。同时，对于持有多种准驾车型的驾驶人来说，了解并掌握这一规定尤为重要，以免因误解而导致不必要的法律后果。