摩托车驾照跟汽车驾照在扣分上是合并计算的，不能分开扣分。

详细解释如下：

在我国，摩托车驾驶证与汽车驾驶证在合并后，实行的是“两证合一”的制度。这意味着，摩托车驾照和汽车驾照会合并成一个新的驾驶证，例如标注为“C1E”。合并后的驾驶证只有一个驾驶证号和一个统一的记分周期，其总分为12分，而非两者相加得到的24分。

无论驾驶人是在驾驶摩托车还是汽车时发生交通违法行为，相关的记分都会记录在这一本合并后的驾驶证上。例如，如果驾驶人驾驶摩托车时因闯红灯被记6分，随后在驾驶汽车时又因超速被记6分，那么在这个记分周期内，他的驾驶证就已经累计记满了12分。一旦驾驶证记分达到或超过12分，驾驶人就需要按照相关规定参加学习和考试，以恢复其驾驶资格。

因此，驾驶人在驾驶任何类型的机动车时都必须严格遵守交通规则，避免违章行为的发生。因为无论是驾驶摩托车还是汽车，违章行为都会直接影响到合并后驾驶证的分数，进而可能影响到驾驶人的驾驶资格。

综上所述，摩托车驾照跟汽车驾照在扣分上是统一且相互影响的，不能分开扣分。如有其他关于驾照的问题，欢迎继续向我咨询。