摩托车驾照和汽车驾照扣分不是完全分开的，但会针对准驾车型分别进行记分处理。

详细来说，摩托车驾照和汽车驾照在物理形态上是合并在一本驾驶证上的，统称为“机动车驾驶证”。然而，在记分管理上，针对摩托车和汽车这两种不同的准驾车型，其记分是分别进行的。

当你驾驶摩托车发生交通违法行为时，会依据摩托车驾照进行记分处理；同样，当你驾驶汽车发生交通违法行为时，会依据汽车驾照进行记分处理。尽管记分是分别进行的，但两者都记录在同一本驾驶证上，且总分数为12分。

重要的是，如果驾驶人没有摩托车驾照而只有汽车驾照，却驾驶摩托车上路，这属于“准驾不符”的情况，将依法扣除汽车驾照的分数，并可能面临其他相应的法律处罚。

因此，驾驶人在日常行车过程中应严格遵守交通规则，确保行车安全，避免不必要的扣分和处罚。同时，对于持有多种准驾车型的驾驶人来说，了解并掌握这一规定尤为重要，以免因误解而导致不必要的法律后果。如果你有任何关于驾照扣分或交通法规的疑问，可以直接向我咨询。