摩托车违章扣分确实会扣C1驾驶证的分，但具体扣分情况取决于驾驶员的驾驶证类型及是否具备驾驶摩托车的资格。以下是对这一问题的详细分析：

1. 驾驶证合并管理：

   • 在我国，摩托车驾驶证（如D、E、F证）与汽车驾驶证（如C1证）是合并管理的。如果驾驶员通过增驾考试，将摩托车准驾车型与C1驾照合并，那么无论驾驶摩托车还是汽车违章，扣分都将记录在这本合并后的驾驶证上。

2. 准驾车型不符的情况：

   • 如果驾驶员仅持有C1驾驶证，并未增驾摩托车，那么其并不具备驾驶摩托车的资格。在此情况下，驾驶摩托车违章将被视为“与准驾车型不符”，这是一种严重的交通违法行为。根据相关规定，驾驶员将面临罚款、扣分（通常会扣掉C1驾驶证的9分，依据2022年4月1日新交规实施后的标准）以及摩托车被扣留的处罚。

3. 扣分影响：

   • 驾驶证的记分周期为一年，从初次领取驾驶证之日起计算。在这一年内，如果累计扣分达到或超过12分，驾驶员将面临相应的处罚，包括参加学习、考试等，甚至可能影响到驾驶证的正常使用。

综上所述，摩托车违章扣分是否会扣C1驾驶证的分，取决于驾驶员的驾驶证类型及是否具备驾驶摩托车的资格。为避免不必要的法律风险和损失，建议驾驶员在驾驶任何车辆之前，务必确保自己的驾驶证具备相应的准驾车型，并严格遵守交通规则。如果您有任何关于交通违章或驾驶证管理的问题，可以直接向我咨询。