针对您提出的“农村建房子超了面积但房管证已经办了怎么办”的问题，这确实是一个在农村建房中可能会遇到的实际情况。以下是根据相关法律法规和常规操作流程，为您提供的详细解答和建议：

首先，您需要明确的是，房屋超出审批面积的情况需要根据超出的原因、当地的具体政策以及超出的严重程度来分类处理。

一、了解当地政策和规定

不同地区的农村宅基地和建房政策可能存在差异，因此，您首先需要详细了解所在地的相关政策，特别是关于宅基地面积限制、超面积处理办法以及补缴费用标准等规定。这是后续处理的基础，也是确保您操作合规的前提。

二、核实超建情况

建议您通过专业测量机构对房屋进行实际测量，并与审批的建筑面积进行比对，明确超出规定面积的具体数值。这一步骤对于后续处理至关重要，因为它将决定问题的严重性和可能的解决方案。

三、分类处理超面积情况

1. 符合规划且有合法审批手续的超面积

   • 如果您的房屋超面积部分符合当地规划，并且原本就有合法的审批手续（只是面积超出了原审批范围），您可以主动向当地乡镇人民政府或相关土地、规划管理部门报告超面积情况，并提交建房审批手续、房屋建设相关资料以及超面积原因的说明。
   • 根据当地政策，您可能需要补缴土地出让金或相关费用，并接受行政处罚。完成补正后，您可以按照正常程序申请办理或更正房产证。

2. 历史遗留问题导致的超面积

   • 如果超面积是由于历史遗留问题导致的，比如过去的政策与现在不一致，或者由于历史原因造成的面积误差，您可以收集建房申请、村委会证明、土地使用证明等历史材料，并向当地政府或相关部门提出认定申请。
   • 由专门工作组进行调查认定后，根据认定结果，您可能需要补办手续或参照现行政策进行调整处理。之后，您可以提交相关材料申请办理或更正房产证。

3. 严重违反规划或未经审批的超面积

   • 如果您的房屋超面积部分严重违反了当地规划，或者完全没有经过审批，那么房屋可能会被认定为违法建筑。在这种情况下，您可能需要面临拆除风险，或者需要积极配合整改，拆除超面积部分或恢复土地原状。
   • 整改完成后，根据当地政策和具体情况，相关部门会考虑是否可以为您办理或更正房产证。

四、与相关部门沟通并申请补办手续

无论属于哪种情况，建议您都与当地的土地管理部门、住建局或村委会保持密切沟通。向他们说明房屋面积超标的情况，并询问他们的意见和建议。根据部门的指导，尝试申请补办相关手续，如提交必要的申请材料、缴纳相关费用以及接受可能的处罚（如罚款）。

五、注意事项

• 在整个处理过程中，请务必确保提供的所有材料真实有效，避免虚假申报带来的法律后果。
• 密切关注当地政策的变化，因为政策调整可能会影响您的处理方案。
• 保持与相关部门的沟通渠道畅通，及时了解最新要求和流程。

综上所述，处理农村房屋超面积的问题需要根据具体情况分类处理，并与相关部门保持密切沟通。通过合规操作，您有望找到合理的解决方案，并确保房产证的合法性和有效性。