针对您提出的“农村房屋占地面积超出规定怎么办”的问题，以下是一些详细的解答和建议：
首先，需要明确的是，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。这是《中华人民共和国土地管理法》的明确规定。对于超出规定面积的情况，处理办法需结合具体情况和相关法律法规来确定。
一、了解超占原因与性质
历史遗留问题：部分宅基地可能因历史原因形成超占，如早期分配不规范或继承导致面积增加。这类情况通常需结合当地政策进行特殊处理。
新建扩建违规：如果未经审批擅自扩大宅基地面积，这属于违法行为，需依法进行纠正。
二、具体处理措施
确认土地权属与合法性：
- 检查宅基地使用证、乡村建设规划许可证等文件是否齐全有效。
- 通过不动产登记系统确认实际面积与登记数据是否一致。
针对合法超占的处理方式：
- 若建房已经办理了合法的审批手续，有相关的宅基地使用权证书、规划许可证，但面积超标，可以主动向审批机关报告，并根据当地政策补交一定费用，如有偿使用费。这样一般是合法的，不会被拆除。
- 在不动产权证附记栏注明“超占面积”，明确仅保障法定面积权益。
针对非法超占的处置措施：
- 如果隐瞒面积超标的情况，被有关部门查处到，房屋可能会被视为违章建筑。不仅需要进行罚款，还可能被要求限期拆除。
- 对严重影响规划的违建部分，依据《城乡规划法》相关规定，可能会实施强制拆除。
- 对符合规划但手续不全的超占部分，可能会予以没收，并参照《土地管理法》进行处罚。
三、特殊情况处理
- 对于历史形成的超标多宅，可通过转让、置换等方式整合至法定面积内。
- 新建房屋后必须拆除旧宅基地，否则不予确权登记，这是依据《土地管理法》的相关规定。
四、法律后果提示
- 面临责令限期改正、罚款等行政处罚。罚款金额可能会根据超出面积的大小和当地政策有所不同，最高可达违法占地每平方米100元。
- 如果涉及非法占用农用地罪，还可能承担有期徒刑和罚金等刑事责任。
综上所述，对于农村房屋占地面积超出规定的情况，建议首先了解超占的原因和性质，并根据当地政策和法律法规采取相应的处理措施。如果涉及违法行为，应积极配合相关部门的调查和处理工作，以避免可能的法律后果。同时，也建议在未来建房或扩建时，务必遵守相关法律法规和规划要求，确保宅基地面积符合规定标准。