如果发现自己的身份证被别人用来注册了公司，并且因此出现了问题，你可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：
一、立即报案与证据收集
向公安机关报案：
- 尽快前往你户籍所在地或常住地的公安机关报案，详细阐述身份证被盗用的具体情况，包括时间、地点、身份证号以及被盗用的具体情形（例如被注册为某公司的法定代表人或股东）。
- 报案后，务必妥善保管好报案回执单，这是后续申请撤销登记和提起诉讼的重要依据。
全面收集证据：
- 搜集能够证明你身份证在被盗用期间处于异常状态的材料，如身份证丢失的报案记录、挂失证明等。
- 如果与冒用者有沟通记录，如聊天记录、通话录音等，也应妥善保存，这些将作为直接证据。
- 还可以调取涉事公司的工商登记档案资料，寻找冒用身份的线索，并作为证据使用。
二、申请撤销工商登记
向工商登记机关提交申请：
- 携带收集到的所有证据材料，向公司登记机关（如工商局或市场监督管理局）提交书面申请，要求撤销因身份证被盗用而进行的工商登记。
- 申请书应详细阐述身份证被盗用的情况，并附上身份证明原件及复印件、报案回执单及其他相关证据材料。
处理期限与后续行动：
- 工商登记机关在收到申请后，会进行调查核实。如果工商登记机关在法定期限内未予回复或未作出行政处理，你可以依法向人民法院提起行政诉讼。
三、涉及税务及其他问题的处理
- 如果该公司在税务方面存在异常，可能对你的个人信用产生影响。因此，你需要及时向税务部门说明情况，并提供证据证明公司注册并非你本人意愿。税务部门会进行相应的调查和处理。
- 同时，你还需要关注个人信用记录的变化，如有必要，可向相关信用管理机构提出信用修复申请。
四、法律诉讼与律师协助
提起行政诉讼：
- 如果对工商登记机关的处理结果不满意，或者工商登记机关未在规定时间内作出处理，你可以依法向人民法院提起行政诉讼。
- 诉讼过程中，务必提供充分证据证明身份证被冒用的事实，并详细阐述你的诉求。
寻求专业律师帮助：
- 在整个维权过程中，咨询专业律师的意见是非常必要的。律师可以为你提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助你更好地维护合法权益。
- 律师还可以协助你收集证据、起草法律文件等，确保你的维权行动更加有力、有效。
五、其他建议
- 尝试协商：如果冒用者是朋友或熟人，你可以尝试与其协商，要求其及时办理相关手续如公司注销或股权转让等，以减轻对你的影响。
- 加强个人信息保护：为了避免类似事件再次发生，你应加强个人信息的保护意识，不要随意透露身份证等敏感信息给他人。
综上所述，面对身份证被别人用来注册公司并出现问题的情况，你应尽快采取行动，通过报案、收集证据、申请撤销工商登记、处理税务问题、提起行政诉讼以及寻求律师协助等步骤来维护自己的合法权益。同时，加强个人信息保护也是预防此类事件再次发生的关键。