如果发现自己的身份被别人利用注册了公司，这确实是一个严重的问题，可能涉及法律风险和经济损失。为了有效维护你的合法权益，以下是一套详细且有条理的处理步骤：

一、立即收集证据

1. 身份信息证明：确保你持有身份证的原件及复印件，这是证明你身份的基础材料。
2. 注册文件审查：通过国家企业信用信息公示系统下载涉事公司的注册资料，仔细检查其中的签字、印章是否与你本人的一致，以判断是否存在伪造情况。
3. 沟通记录留存：如果与冒用者有过任何形式的沟通，如聊天记录、通话录音等，务必妥善保存，这些可能成为关键证据。
4. 工商登记资料调取：前往公司注册地的市场监督管理部门（原工商行政管理部门），申请调取该公司的全套工商登记档案资料，以寻找更多冒用身份的线索。

二、与相关方沟通协商

1. 联系注册公司：尝试通过工商登记的联系方式与公司取得联系，明确告知其你的身份被冒用，并要求其主动撤销你的登记信息。同时，保留好沟通记录作为证据。
2. 与股东或法定代表人沟通：如果可能，找到公司的实际股东或法定代表人，向其说明冒用身份的违法性，并要求其配合解决问题。

三、向市场监督管理部门投诉

1. 提交书面申请：携带收集到的所有证据材料，向公司注册地的市场监督管理部门提交书面投诉，详细说明你的身份证被冒用注册公司的情况。
2. 要求调查核实与撤销登记：请求市场监督管理部门对公司注册行为进行调查核实，并依据调查结果撤销相关的公司登记。
3. 配合调查工作：积极配合市场监督管理部门的调查，如提供笔迹鉴定等，以进一步证明你的身份被冒用。

四、采取法律途径维权

1. 提起行政诉讼：如果市场监督管理部门未支持你的诉求或处理结果不满意，你可以在法定期限内（通常为六个月）向有管辖权的人民法院提起行政诉讼，要求撤销公司登记信息。
2. 提起民事诉讼：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，你还可以向人民法院提起民事诉讼，要求公司停止侵犯你的姓名权或身份信息，并赔偿因此给你造成的损失。
3. 刑事报案：如果发现冒用行为涉及刑事犯罪，如诈骗、非法集资等，应立即向公安机关报案，并提交详细的报案材料。

五、关注个人信用修复

即使公司登记最终被撤销，你的个人信用可能已受到一定影响。此时，你可以向相关信用管理机构提出信用修复申请，提交身份被冒用及问题已解决的证明材料，要求恢复你的良好信用记录。

六、加强个人信息保护

1. 妥善保管身份证件：避免身份证复印件随意丢弃或提供给不信任的第三方。
2. 定期检查信用记录：及时发现并处理任何异常情况。
3. 提高警惕性：对于任何要求提供身份证信息的请求，都要保持高度警惕，确保信息的安全。

七、咨询专业律师

在整个处理过程中，咨询专业律师的意见是非常必要的。律师可以帮助你准备法律文件、提供法律咨询和支持，确保你的权益得到充分保护。

综上所述，一旦发现身份证被别人拿去注册公司，应立即采取行动，通过收集证据、与相关方沟通、向市场监督管理部门投诉、采取法律途径维权以及关注个人信用修复等措施，有效地维护自己的合法权益。同时，加强个人信息的保护也是预防此类事件再次发生的关键。