首先，需要明确的是，党员被查发现有公司，这一描述较为模糊，可能涉及多种情况，比如党员违规经商办企业、党员在公司中存在违法违纪行为等。不同的情形，其处理方式也会有所不同。以下是对几种可能情形的分析：

1. 党员违规经商办企业：

   • 如果党员违反党的规定或国家法律法规，私自经商办企业，那么根据情节轻重，可能会受到党内警告、严重警告、撤销党内职务、留党察看或开除党籍等纪律处分。
   • 同时，如果该公司存在违法经营行为，还可能受到相关行政部门的处罚，如罚款、吊销营业执照等。

2. 党员在公司中存在违法违纪行为：

   • 如果党员在公司中利用职务之便，进行贪污、受贿、挪用公款等违法违纪行为，那么除了可能受到公司内部的处分（如解雇、降职等）外，还可能面临法律的制裁，如被追究刑事责任。
   • 在这种情况下，党员的身份可能会成为加重处罚的情节之一，因为党员应当模范遵守国家法律法规和党的纪律。

3. 党员在公司中的行为未构成违法违纪：

   • 如果党员在公司中的行为并未构成违法违纪，只是普通的商业行为或管理决策，那么通常不会受到特别的处理。
   • 但如果党员的行为引起了社会舆论的关注或质疑，可能会对其个人形象和声誉造成一定影响。

综上所述，党员被查发现有公司时，其具体处理方式会根据党员的行为性质、情节轻重以及是否构成违法违纪等因素而有所不同。如果你或你身边的人面临类似情况，建议尽快咨询专业律师或相关机构，以便获得更准确的法律意见和帮助。作为拥有多领域法律实务经验的律师，我随时准备为你提供详细的法律咨询和解答。