商铺使用权40年到期后，业主将面临续期或不续期的选择。以下是对这两种情况以及相关法律规定的详细解释：
一、续期情况
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第三百五十九条，非住宅建设用地的使用权期限届满后，可以依法办理续期手续。商铺作为非住宅用地，其使用权期限届满时，业主可以向相关部门申请续期。
续期流程：
- 业主需要在使用权到期前一年（或根据当地规定的时间）向土地管理部门提出续期申请。
- 提交必要的申请材料，如土地使用证、续期申请书等。
- 等待审批结果。如果申请被批准，业主需要重新签订土地使用权出让合同，并按照当地规定缴纳续期费用（即土地使用权出让金）。
注意事项：
- 续期费用可能因地区、土地价值等因素而有所不同，具体金额需根据当地规定确定。
- 如果商铺位于城市中心或有特殊规划需求，可能会影响续期的可能性或条件。
二、不续期情况
法律后果：
- 如果业主选择不续期，那么土地使用权将不再续期，国家将收回土地使用权。
- 此时，虽然土地使用权归还给国家，但商铺的建筑物仍然属于业主所有。然而，由于土地使用权已被收回，业主将无法继续在该土地上经营商铺。
处理方式：
- 业主可以考虑将商铺建筑物进行改造或另作他用，但需遵守当地相关规划和法律法规。
- 如果商铺建筑物具有历史价值或特殊意义，业主也可以考虑将其捐赠给政府或相关机构作为文化遗产保护。
三、其他注意事项
产权归属：
- 商铺的所有权与土地使用权是分离的。即使土地使用权到期，只要业主继续拥有商铺的所有权，商铺本身不会因此失去。但需要注意的是，没有土地使用权，商铺将无法正常经营。
咨询专业机构：
- 在处理商铺使用权到期问题时，建议业主咨询当地土地管理部门或专业律师以获取更具体的法律意见和指导。
综上所述，商铺使用权40年到期后，业主可以根据自身情况和需求选择续期或不续期。在选择续期时，应提前了解当地续期流程和费用标准，并按时提交申请。在不续期的情况下，业主需要妥善处理商铺建筑物并遵守相关法律法规。