土地证的发放部门主要依据土地类型和具体的管理规定来确定。一般来说，在我国，土地证主要由自然资源部门（原国土资源部门）负责发放和管理。这包括《国有土地使用证》、《集体土地所有证》、《集体土地使用证》等主要的土地证书。
具体来说：
国土资源部（现为自然资源部）负责土地证书印制的监督管理，并委托相关单位进行土地证书的印制和发行工作。这些单位会按照规定的程序和标准，开展土地证书的印制、编号、发行以及质量检查等工作。
省级国土资源行政主管部门（现为省级自然资源主管部门）负责本辖区内土地证书的征订工作，即向土地证书印制发行单位订购土地证书，并负责在本辖区内的发放和管理。
对于特定的土地类型，如农村土地承包经营权，其确权登记发证工作也有明确的部门负责。以广东省为例，从2023年3月1日起，农村土地承包经营权确权登记发证工作由各地自然资源主管部门负责。这意味着，在该日期之后，自然资源主管部门将负责办理全省农村土地（含耕地、水域、滩涂）承包经营权（土地经营权）登记的申请、受理、审核、登簿、发证等工作，而农业农村部门则不再办理此项业务。
综上所述，土地证的发放部门主要是自然资源部门（原国土资源部门），但具体的管理和发放工作可能会根据土地类型和地区差异而有所调整。因此，在办理土地证时，建议咨询当地的自然资源部门或相关政府部门，以获取最准确的信息和指导。