土地使用证是由县级以上人民政府核发的。根据《土地管理法》的相关规定,农民集体所有的土地,由县级人民政府登记造册,核发证书,确认所有权。对于农民集体所有的土地依法用于非农业建设的,或者单位和个人依法使用的国有土地,也是由县级以上人民政府进行登记造册,并核发证书以确认使用权。特别地,中央国家机关使用的国有土地的具体登记发证机关,则由国务院确定。这一流程确保了土地所有权和使用权的合法性和权威性。