您好，针对您提出的问题，关于农村办不动产权证，父亲原房主去世，房产过继给户口在本县城里的儿子的情况，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，农村宅基地属于农民集体所有，而宅基地使用权是农民对集体土地享有的占有和使用的权利。根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律的规定，宅基地使用权通常只能由拥有农村户口且属于本村的村民获得。然而，对于宅基地上已经建有房屋的情况，基于“地随房走”“房地一体”的原则，宅基地使用权会随同房屋所有权一起发生继承。

在您的情况中，如果父亲去世时，宅基地上已经建有房屋，并且父亲在遗嘱中或按照法定继承规定将房屋留给了儿子，那么儿子作为房屋的合法继承人，可以继承房屋的所有权。同时，根据“房地一体”的原则，儿子也将继承宅基地的使用权。这一规定在自然资源部2020年发布的《对十三届全国人大三次会议第3226号建议的答复》中得到了明确确认，即农民的宅基地使用权可以依法由城镇户籍的子女继承并办理不动产登记。

因此，即使儿子的户口在本县城里，他仍然可以继承父亲留下的农村房屋和宅基地使用权。在办理不动产权证时，需要按照相关规定提交继承证明、房屋权属证明等材料，并经过当地土地管理部门的审核和批准。

需要注意的是，儿子继承的宅基地使用权是基于房屋所有权的继承而取得的，不能单独继承宅基地使用权。同时，如果儿子在未来将房屋出售或赠与给他人，且自己不再拥有农村房屋，那么他将失去宅基地使用权。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。