工伤认定程序中的60天期限通常不包括上级部门审批时间。根据《工伤认定办法》的相关规定，社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定决定，并出具《认定工伤决定书》或者《不予认定工伤决定书》。这一60天的期限主要是指社会保险行政部门对工伤认定申请进行审核、调查核实，并最终作出决定的期限。

在实际操作中，如果工伤认定申请涉及的情况较为复杂，或者需要进一步的调查核实，社会保险行政部门可能会需要更长的时间来作出决定。但是，如果社会保险行政部门需要延长工伤认定决定的期限，通常会书面通知申请人，并说明延长的原因和期限。

此外，如果工伤认定决定需要以司法机关或者有关行政主管部门的结论为依据，而在这些部门尚未作出结论期间，工伤认定决定的时限会中止，并书面通知申请人。这种情况下，工伤认定决定的期限将会顺延，直到相关结论作出后再继续计算。

因此，虽然工伤认定程序中的60天期限是一个重要的时间节点，但在实际操作中，还需要根据具体情况来确定是否包括上级部门审批时间以及其他可能影响期限的因素。如果对工伤认定程序或相关时间节点有疑问，建议咨询当地的社会保险行政部门或相关法律专业人士以获取更准确的解答。