骑摩托车闯红灯会扣C1驾驶证分，但具体扣分情况取决于驾驶人持有的驾驶证类型。

1. 若仅持有C1驾驶证：

   • C1驾驶证并不包含摩托车的准驾资格。因此，若驾驶人仅持有C1驾驶证而驾驶摩托车，首先会因“驾驶与驾驶证载明的准驾车型不相符合的车辆”被记9分，并面临罚款等处罚。
   • 若该驾驶人在驾驶摩托车时还闯了红灯，则会因不按交通信号灯指示通行再被记6分。
   • 综上，仅持有C1驾驶证的驾驶人骑摩托车闯红灯，会被合计扣15分（9分+6分），并面临相应的罚款处罚。

2. 若持有包含摩托车准驾资格的驾驶证（如C1D、C1E等）：

   • 在这种情况下，驾驶人具备驾驶摩托车的合法资格。
   • 若驾驶人骑摩托车闯红灯，则会依据摩托车驾驶证对闯红灯行为进行扣分，通常是一次记6分，并处罚款。

建议：

• 驾驶人在驾驶前应确认自己的驾驶证是否具备所驾车型的准驾资格，以避免因驾驶与准驾车型不符而面临处罚。
• 无论驾驶何种车辆，都应严格遵守交通规则，特别是交通信号灯指示，以确保自身和他人的安全。
• 如需驾驶摩托车，建议增驾相应的摩托车准驾资格，以合法、安全地驾驶摩托车。