两轮电动车闯红灯是否会扣C1驾照的分，主要取决于该电动车是否被认定为机动车。

1. 如果电动车被认定为非机动车：根据交通法规，非机动车闯红灯一般不会直接扣C1驾照的分。但这种情况下，交警通常会对闯红灯的非机动车驾驶人进行批评教育，并处以一定金额的罚款。

2. 如果电动车被认定为机动车：那么闯红灯的处罚就会和机动车一样。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的规定，机动车驾驶人违反交通信号灯指示通行的，会被扣除6分，同时还会面临罚款。

因此，虽然骑两轮电动车闯红灯不一定会扣C1驾照的分，但这种行为是违反交通规则的，会面临罚款等处罚，而且更重要的是，这种行为会严重威胁道路交通安全。所以，无论驾驶何种车辆，都请务必遵守交通规则。