结论前置：电动车闯红灯是否会扣C1驾照的分，主要取决于电动车的性质。如果电动车被认定为非机动车，则闯红灯不会扣C1驾照的分；但如果电动车被认定为机动车，且驾驶人仅持有C1驾照，则闯红灯会扣6分。

详细分析：

1. 非机动车情形：

   • 若电动车为非机动车（如普通电动自行车），其管理和机动车驾驶证（如C1证）分属不同体系。因此，闯红灯虽然违法，但不会直接导致C1驾驶证扣分。
   • 非机动车闯红灯的处罚通常包括警告、罚款等，具体金额依据当地规定而定，一般在20元至50元不等。

2. 机动车情形：

   • 若电动车被认定为机动车（如部分电动摩托车），则驾驶人需持有相应的机动车驾驶证（如D、E证）才能驾驶。
   • 若驾驶人仅持有C1驾照而驾驶此类电动车闯红灯，将构成准驾不符的违法行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的行为将被扣6分。
   • 同时，准驾不符还将面临额外的扣分（通常为9分）、罚款甚至拘留等处罚。

法律建议：

• 驾驶电动车前，应确保了解车辆的性质，即是否为机动车，以避免不必要的扣分风险。
• 无论电动车性质如何，驾驶人都应严格遵守交通规则，确保行车安全。闯红灯是严重的交通违法行为，不仅可能导致交通事故，还会破坏道路交通秩序，影响社会公共安全。
• 持有C1驾驶证的驾驶人应定期查询自己的记分情况，以便及时采取措施避免记分累积达到12分，从而避免驾驶证被扣留或注销等严重后果。

综上所述，电动车闯红灯是否会扣C1驾照的分，需根据电动车的具体性质来判断。但无论如何，遵守交通规则、确保行车安全都是每位驾驶者的首要责任和义务。