结论：摩托车闯红灯撞上小电瓶车，驾驶证是否会扣分，主要取决于小电瓶车的类型以及摩托车驾驶人的具体行为。若小电瓶车被认定为机动车（如电动摩托车），且摩托车驾驶人存在闯红灯的违法行为，则驾驶证会被扣分；若小电瓶车被认定为非机动车，则摩托车驾驶人的驾驶证扣分情况需结合其是否因事故承担主要责任等因素综合判断，但闯红灯本身作为违法行为，仍可能面临其他处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、小电瓶车类型的影响
非机动车：
- 定义：通常指设计时速较低、整车质量较轻，不符合机动车标准的电瓶车，如电动自行车。
- 处罚：根据《道路交通安全法》，非机动车闯红灯将处警告或者五元以上五十元以下罚款。若驾驶人拒绝接受罚款，可扣留其非机动车。此类情况下，摩托车驾驶人的驾驶证扣分与小电瓶车闯红灯行为无直接关联，但摩托车驾驶人若因闯红灯导致事故，则可能因事故责任被扣分。
机动车：
- 定义：符合机动车标准的电瓶车，如部分电动摩托车，设计时速较高、整车质量较重，需按照机动车管理。
- 处罚：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及《中华人民共和国道路交通安全法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分，并处罚款（通常为200元）。若摩托车驾驶人闯红灯撞上被认定为机动车的小电瓶车，则摩托车驾驶人的驾驶证会被扣分。
二、摩托车驾驶人的行为影响
- 闯红灯行为：无论小电瓶车类型如何，摩托车驾驶人闯红灯都是严重的交通违法行为，不仅危及自身和他人的安全，还可能面临法律处罚。若因闯红灯导致事故，摩托车驾驶人很可能承担主要责任，进而面临驾驶证扣分、罚款等处罚。
- 事故责任：在交通事故中，事故责任的划分是影响驾驶证扣分的重要因素。若摩托车驾驶人因闯红灯导致事故，并承担主要责任，则其驾驶证很可能被扣分。具体扣分情况需根据事故严重程度、当地交通管理部门的规定等因素综合判断。
三、法律建议与实际操作
- 严格遵守交通规则：摩托车驾驶人应严格遵守交通信号灯指示，不闯红灯、不逆行、不超速行驶，确保道路安全。
- 了解车辆类型：在行驶过程中，摩托车驾驶人应了解所驾驶车辆的类型（机动车或非机动车），以便在发生事故时准确判断责任归属。
- 及时报警并配合调查：若发生交通事故，摩托车驾驶人应立即报警并配合交通管理部门的调查工作，如实陈述事故经过，以便准确划分事故责任。
总结与提醒：摩托车闯红灯撞上小电瓶车，驾驶证是否会扣分需结合小电瓶车类型、摩托车驾驶人的行为以及事故责任等因素综合判断。无论如何，闯红灯都是严重的交通违法行为，会危及自身和他人的安全。因此，我建议所有摩托车驾驶人严格遵守交通规则，确保行车安全。若您有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。