擅自收购烟叶1000公斤以上，将依法没收其违法收购的烟叶和违法所得。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国烟草专卖法》第二十八条，违反本法规定擅自收购烟叶的，烟草专卖行政主管部门将处以罚款，并按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的百分之七十收购违法收购的烟叶；数量巨大的，没收违法收购的烟叶和违法所得。
   • 《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》第五十一条进一步明确了“数量巨大”的标准，即擅自收购烟叶1000公斤以上的，依法没收其违法收购的烟叶和违法所得。

2. 处罚措施：

   • 对于擅自收购烟叶的行为，烟草专卖行政主管部门将依据上述法律法规进行处罚。若数量达到1000公斤以上，则直接依法没收违法收购的烟叶和违法所得。
   • 此外，根据情节的严重程度，还可能面临罚款、取消经营资格等行政处罚。如果行为构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

3. 法律建议：

   • 建议相关从业者严格遵守烟草专卖法律法规，合法合规地开展业务活动。
   • 如需了解更多关于烟草专卖法律法规的信息，或面临相关法律问题，可直接向我咨询，我将提供专业的法律解答和建议。

综上所述，擅自收购烟叶1000公斤以上是一个明确的法律界限，超过这一界限将面临严厉的处罚。因此，请务必遵守相关法律法规，避免不必要的法律风险和经济损失。