当企业在注销过程中遇到“应交税费”为负数的情况，这通常意味着企业可能多缴了税款、有预缴税款未抵扣完，或者留有尚未抵扣的进项税额。为了妥善处理这一问题，您需要按照以下步骤操作：

第一步：核查账目与明确原因

请首先对企业的财务报表和税务记录进行细致的核查，以确定负数税额的具体原因。这可能包括多缴税款、预缴税款未使用完、增值税进项税额留抵，或是其他合理的税务调整。这一步非常重要，因为它将为您后续的处理提供基础，并确保您的财务数据真实准确。

第二步：与税务机关沟通

在明确了负数税额的原因后，您需要及时联系主管税务机关，详细说明情况，并提交相关证明材料，如税务申报表、缴税凭证等。咨询税务机关关于如何处理负数税额的具体指导，这可能包括申请退税、抵减未来应纳税额，或进行其他形式的税务调整。请注意，不同地区税务机关的处理方式可能有所不同，因此与主管税务机关的密切沟通至关重要。

第三步：根据税务机关指导进行处理

1. 增值税进项税额留抵：

   • 如果“应交税费-应交增值税”科目为负数，可能是因为存在尚未抵扣完的进项税额。根据规定，一般纳税人注销时，留抵税额通常不予以退税。但如果是因合并、分立等原因注销且符合条件的企业，其尚未抵扣的进项税额可以由合并或分立后的企业继续抵扣。

2. 多缴企业所得税：

   • 您可以向主管税务机关申请退税，需要准备纳税申报资料、财务报表等，并填写退税申请表，按照要求办理退税手续。
   • 如果存在其他未结清税款，经税务机关同意，您也可以用多缴的企业所得税抵缴其他欠税。

3. 其他税费多缴情况：

   • 对于城市维护建设税、教育费附加等以增值税、消费税为计税依据的附加税费，如果主税种存在多缴，您同样可以申请退税。
   • 对于印花税等其他税种的多缴情况，您可以凭借完税凭证、合同等相关资料向税务机关申请退税。

第四步：会计处理与记录保留

1. 会计处理：

   • 请将多缴的税费从“应交税费”科目转出，并进行相应的会计分录。例如，对于多缴的企业所得税，您应作相应的会计分录，并在收到退税时进行会计处理。

2. 记录保留：

   • 注销完成后，请妥善保管所有与税务相关的文件和记录，包括税务申报表、缴税凭证、退税申请及批准文件等。这些记录对于未来可能的审计或查询非常重要。

第五步：完成税务注销手续

在处理完负数税额后，请按照税务机关的要求完成税务注销手续，包括提交注销税务登记申请、清算税款等。确保所有税务事项均已妥善处理，以避免留下任何税务风险或隐患。

综上所述，当企业在注销过程中发现“应交税费”为负数时，应严格按照上述步骤操作，并与主管税务机关保持密切沟通。确保所有处理均符合法律法规要求，从而有效规避法律风险，并确保企业财务数据的准确性和合规性。