应发工资通常不会先扣除迟到等款项。应发工资是劳动者在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的工资报酬。它通常是基于劳动者的岗位、工作时长、工作表现等因素来确定的，并不直接涉及迟到、早退等考勤情况。

在实际操作中，用人单位可能会根据公司的规章制度和劳动合同约定，对劳动者的迟到、早退等行为进行一定的处罚，比如扣除相应的奖金、津贴或者进行其他形式的惩戒。但这些处罚通常是在应发工资确定之后，以额外的扣款或惩戒形式出现的，而不是在应发工资的计算过程中就直接进行扣除。

因此，如果你的工资被用人单位以迟到等理由直接扣除了，你可以向用人单位询问具体的扣款原因和依据，并检查劳动合同和公司规章制度中是否有相关的约定。如果认为用人单位的扣款行为不合理或不合法，你可以通过法律途径来维护自己的权益。