您好，单位交社保和灵活就业交社保在退休住院报销比例上是一样的。这是因为灵活就业医保实际上也是职工医保的一种。

根据公开信息，职工医保的住院待遇中，起付标准以上到一万元（含一万元）的报销比例，在一级医院（含社区）退休职工为95%；在二级医院退休职工为90%；在三级医院退休职工为85%。而对于一万元以上至最高起付限额的部分，一级医院的退休职工报销比例为97%；二级医院为92%；三级医院为87%。

因此，无论您是通过单位交社保还是以灵活就业者的身份交社保，只要您参加的是职工医保，退休后的住院报销比例都是相同的。这一政策确保了不同缴费方式的职工在享受医疗保障时能够享有公平的待遇。