将毕业生就业补贴计入工资是否合法，取决于具体的补贴性质和合同约定。以下是详细分析：
补贴性质：
- 如果毕业生就业补贴是政府部门或相关机构为鼓励毕业生就业而提供的专项补贴，且明确规定了补贴的用途和发放方式，那么这种补贴通常不应计入工资总额。因为这类补贴往往具有特定的政策目的，如促进就业、提高毕业生就业质量等，与工资的性质不同。
- 如果补贴是由用人单位自行设立，用于补贴员工（包括毕业生）的某项特定支出或作为福利待遇的一部分，且没有明确规定不计入工资，那么这种补贴有可能被视为工资的一部分。
合同约定：
- 劳动合同或相关协议中对于补贴的约定也是判断其是否计入工资的重要依据。如果合同中明确约定了补贴不计入工资，那么用人单位就不得将其计入工资总额。
- 如果合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要根据补贴的性质、发放方式以及当地劳动法律法规的规定来综合判断。
法律法规：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。但是，并非所有补贴都计入工资总额，具体要看补贴的性质和发放方式。
- 如果用人单位将本不应计入工资的补贴错误地计入工资总额，可能会影响到劳动者的社保缴纳、个税计算等权益。因此，劳动者在签订劳动合同时应仔细审查合同条款，确保自己的权益不受损害。
综上所述，将毕业生就业补贴计入工资是否合法，需要根据补贴的性质、合同约定以及当地劳动法律法规的规定来综合判断。如果劳动者对此有疑问或争议，建议及时咨询专业律师或劳动监察部门以维护自己的合法权益。