收费员擅自帮患者输入医保密码这一行为，涉及到医保基金的使用和患者的个人信息安全，因此需要从多个角度来分析其合法性。

首先，从医保基金的使用角度来看，根据《医疗保障基金使用监督管理条例》的规定，参保人员应当持本人医疗保障凭证就医、购药，并主动出示接受查验。这意味着，医保凭证是具有个人专属性的，不得由他人冒用或代用。如果收费员擅自帮患者输入医保密码，实际上是在未经患者同意的情况下，冒用了患者的医保身份，这是违反医保基金使用规定的。

其次，从患者个人信息安全的角度来看，医保密码是个人医保账户的重要安全屏障。如果收费员擅自输入患者的医保密码，不仅侵犯了患者的个人信息安全，还可能导致患者的医保账户被盗用，进而造成医保基金的损失。这种行为是违法的，并可能构成犯罪。

综上所述，收费员擅自帮患者输入医保密码是不合法的。这种行为既违反了医保基金的使用规定，又侵犯了患者的个人信息安全。如果发生这种情况，患者应及时向医保部门或相关机构报告，以维护自己的合法权益和医保基金的安全。同时，相关机构也应加强对收费员等医护人员的培训和管理，确保他们严格遵守医保基金使用规定和患者个人信息安全保护要求。