关于员工不打卡需要签什么协议的问题，首先我们要明确，员工不打卡本身是一种违反公司规章制度的行为，通常公司会通过制定相关的考勤管理制度来规范员工的打卡行为。如果员工拒绝打卡，公司有权根据相应的管理制度进行处理，包括但不限于警告、罚款、甚至解除劳动合同。

在实际情况中，如果员工因为特殊原因（如忘记打卡、手机故障等）偶尔未能打卡，通常可以通过向公司说明情况并补办相关手续来解决。但是，如果员工持续拒绝打卡，且没有合理的解释或补救措施，那么公司可能会认为员工严重违反了公司的规章制度，并据此解除劳动合同。

至于是否需要签订特定的协议来处理员工不打卡的情况，这取决于公司的具体管理制度和规定。一些公司可能会要求员工签订一份关于遵守公司考勤管理制度的承诺书或协议，以明确员工对公司考勤制度的认可和遵守义务。但是，这并不是必须的，因为公司的考勤管理制度本身就是一份具有法律效力的文件，员工在入职时应当已经知晓并同意遵守。

因此，对于员工不打卡的情况，公司应当首先依据自身的考勤管理制度进行处理。如果公司认为有必要让员工签订特定的协议来强化考勤管理，那么可以根据公司的实际情况和法律规定来制定相关协议。但是，无论是否签订协议，员工都应当严格遵守公司的考勤管理制度，以确保公司的正常运营和管理秩序。