公司因雨季三防留人值班，一般不构成违法。具体分析如下：

1. 法律依据：根据劳动法的相关规定，用人单位有权根据生产、工作需要安排劳动者加班，但应遵守关于加班时长、加班费等规定。雨季三防属于公司为了保障生产安全而采取的合理措施，留人值班通常被视为正常工作的一部分，而非额外的加班。

2. 合理安排：公司应确保值班安排合理，不侵犯员工的合法权益。例如，值班时间不应过长，应给予员工适当的休息和补偿。如果值班时间超出了正常工作时长，公司应按照相关规定支付加班费。

3. 员工权益：员工在值班期间应享有与正常工作相同的待遇，包括但不限于工资、福利等。如果公司违反了相关规定，员工可以向公司提出异议，要求纠正并补偿损失。

4. 特殊情况：如果员工因特殊原因（如健康、家庭等）无法值班，公司应给予理解和合理调整。双方应通过沟通协商，找到既满足公司需求又保障员工权益的解决方案。

综上所述，公司因雨季三防留人值班一般不构成违法，但应确保值班安排合理、合规，并充分保障员工的合法权益。如果你在这方面遇到了具体问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。