当发现员工工资发多了时，可以按照以下步骤妥善处理：

一、及时与员工沟通

首先，应尽快与员工取得联系，以平和、诚恳的态度向其说明工资多发的情况。清晰告知员工多发的具体金额，并请求员工退还。这一步是解决问题的关键，如果员工理解并认可多发工资的事实，往往能够迅速达成协议，退还多发部分。

二、发送书面通知

如果与员工沟通未能达成一致，或者员工拒绝退还多发工资，企业可以向员工发出书面通知。在通知中，应详细写明多发工资的事实，包括具体金额、发放时间等，并明确要求员工退还的期限。书面通知不仅是对员工的正式提醒，也是后续采取法律措施的重要依据。

三、考虑法律途径

若员工在书面通知规定的期限内仍未退还多发工资，企业可以寻求法律途径解决。从法律层面看，多发的工资属于不当得利，员工有义务返还。企业可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求员工返还多发工资。仲裁裁决具有强制执行力，能够确保企业的合法权益得到维护。

四、保留相关证据

在整个处理过程中，企业应妥善保留工资发放记录、与员工的沟通凭证（如聊天记录、邮件等）、书面通知等相关证据。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中至关重要，能够证明企业的合法性和合规性。

五、综合考虑实际情况

在处理工资多发问题时，还需综合考虑实际情况，如多发金额的大小、员工的经济状况、沟通情况等因素。对于小额多发，且员工态度积极、愿意退还的情况，可以更加灵活地处理；对于大额多发或员工拒绝退还的情况，则需更加严格地按照法律程序处理。

总之，处理工资多发问题需要耐心、细致和合规。通过及时沟通、发送书面通知、考虑法律途径以及保留相关证据等步骤，可以有效地解决这一问题，并维护企业的合法权益。同时，也提醒企业在日常工资发放中要加强审核和校对，避免类似情况的发生。