全勤奖不发是否合法，需根据公司的规章制度及劳动合同的具体内容来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
规章制度与劳动合同的明确规定：
- 如果用人单位依法制定的规章制度或与劳动者签订的劳动合同中明确规定，全勤奖是基于员工在一个考勤周期内无迟到、早退、旷工、请假（包括病假、事假、年假等各类假期）等情形才发放，并且该规章制度的制定程序合法（即经过民主程序制定，并已向劳动者公示），同时内容不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位以员工请假（包括休年假）为由不发全勤奖，通常是合法的。
- 举例：某公司规章制度中明确规定，全勤奖的发放条件为一个月内无任何缺勤记录，包括年假。若员工休了年假，则不符合全勤奖的发放条件，公司不发全勤奖是合法的。
公司自主管理权的行使：
- 全勤奖作为公司对员工出勤的奖励机制，其发放条件由公司自主设定。只要这些条件不违反法律法规，公司按照既定规则不发放全勤奖是在行使其自主管理权。
不合法的情形
无相关规定或规定不明确：
- 如果用人单位没有在规章制度或劳动合同中对全勤奖的发放条件作出明确规定，或者虽有规定但未明确将各类假期（包括年假）纳入影响全勤奖发放的情形，那么员工依法请假（包括休年假）不应影响全勤奖的发放。
- 举例：某公司规章制度中未提及全勤奖与年假的关系，员工休了年假后，公司以休年假为由不发全勤奖，这种做法可能不合法。
规定违法：
- 即使公司有相关规定，但如果该规定违反了法律法规的强制性规定，如排除了员工享受法定年休假的权利，或者变相降低了员工在年休假期间应得的待遇（包括全勤奖），这种规定也是无效的。公司不能以此为由不发全勤奖，否则将构成对劳动者合法权益的侵犯。
劳动者的权益保护
如果劳动者认为用人单位不发全勤奖的行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施来维护自己的权益：
与公司沟通：
- 首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求其说明理由并按照规定支付全勤奖。
收集证据：
- 搜集考勤打卡记录、签到表、员工手册、规章制度等证明自己符合全勤奖领取条件且公司未发放的证据。
投诉举报：
- 如果协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
劳动仲裁或诉讼：
- 如果投诉举报未能解决问题，劳动者还可以申请劳动仲裁来进一步维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，劳动者需要提供充分的证据来证明自己的主张，并依据相关法律法规进行申诉。对仲裁结果不服时，可向人民法院提起诉讼。
总结来说，全勤奖的发放与是否合法，主要取决于公司的规章制度及劳动合同的具体内容。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和相关的法律法规，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。