营运车辆在交通事故中负次要责任时，其停运费是可以向主要责任方主张赔偿的，赔偿金额需按照责任比例分担。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

根据《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因道路交通事故无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人请求侵权人赔偿的，人民法院应予支持。这意味着，营运车辆在交通事故中遭受的停运损失，是有法律依据可以主张赔偿的。

二、停运费的计算

停运费的计算通常基于车辆实际的误工收入和停运时间。具体来说：

1. 误工收入：

   • 若车辆有固定的营运收入，根据停运时间直接计算损失金额。例如，车辆每月固定收入为10000元，停运10天，则停运损失约为3333元（10000元/30天×10天）。
   • 若车辆无固定营运收入，可参考相同或相近行业车辆的平均营运收入来计算。例如，当地同类营运车辆平均每日收入为500元，停运10天，则停运损失为5000元。

2. 停运时间：

   • 停运时间以车辆实际维修、合理修复或处理事故所耽误的时间为准。通常由维修厂出具维修时间证明，或者结合事故处理流程的相关记录等综合判断。

三、责任比例分担

在交通事故中，若营运车辆负次要责任，那么其停运损失应按照责任比例由主要责任方分担。例如，若主要责任方承担70%的责任，次要责任方承担30%的责任，那么营运车辆的停运损失中，主要责任方应赔偿70%，次要责任方自行承担30%（但次要责任方通常不会向自己索赔这部分，而是主要关注应由对方赔偿的部分）。不过，在实际操作中，次要责任方主要是向主要责任方主张其应承担的赔偿部分。

四、赔偿流程与证据要求

1. 赔偿流程：

   • 协商：首先与主要责任方及其保险公司协商，提出赔偿诉求并提供证据。
   • 调解：协商不成时，可请求交警部门或人民调解委员会进行调解。
   • 诉讼：若调解无果，可向有管辖权的人民法院提起民事诉讼，法院将依据证据和法律规定作出判决。

2. 证据要求：

   • 车辆运营人需提供营运证、营运合同、营运台账、银行流水等营运车辆及营运收入证据。
   • 提供交警部门出具的处理交通事故的扣车天数证明。
   • 提供车辆维修机构出具的进出厂日期证明、修车工时证明、提车单等停运时间证据。

五、特殊情况处理

1. 保险赔偿：

   • 交强险：通常不承担对受害人的间接经济损失（如停运损失）的赔偿责任，但在某些特殊情况下，如对方全责且交强险条款有特别约定时，可能涉及赔偿问题，不过这种情况较为少见。
   • 商业第三者责任保险：是否赔偿停运损失需依据保险合同约定以及保险公司是否尽到提示和明确说明义务进行认定。若保险合同中有特殊条款对停运损失作出明确约定，且保险公司已尽到相关义务，则可能获得赔偿。

2. 责任认定争议：

   • 若对事故责任认定有争议，可及时申请复核或通过诉讼程序解决。在诉讼过程中，法院将委托专业机构对事故责任进行重新认定。

举例说明：

假设一辆营运货车在交通事故中遭受损坏，停运20天进行维修。该货车每月固定收入为15000元，无其他固定成本分摊（为简化计算，暂不考虑可变成本）。经交警部门认定，该货车负次要责任，主要责任方承担70%的责任。

• 停运损失计算：15000元/30天×20天 = 10000元。
• 主要责任方赔偿金额：10000元×70% = 7000元。

因此，营运货车车主有权向主要责任方主张7000元的停运损失赔偿。

总结与建议：

营运车辆在交通事故中负次要责任时，其停运费是可以向主要责任方主张赔偿的。赔偿金额需按照责任比例分担，并基于明确的法律依据、合理的计算方式以及充分的证据支持。在实际操作中，建议车辆运营人及时收集并保存相关证据，以便在协商、调解或诉讼过程中有效维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。