年假调休通常应算全勤，且公司不应因此扣减员工的全勤奖或影响其他福利待遇。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据
《职工带薪年休假条例》第二条：
- 机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。
- 职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这一规定明确了年休假的带薪性质，以及单位应保障员工休假的义务。
《企业职工带薪年休假实施办法》第六条：
- 职工依法享受的年休假不计入其他假期，其性质与法定节假日相似，均属于带薪休息。这进一步支持了年假应算全勤的观点。
二、全勤的定义与年假的性质
- 全勤定义：全勤通常指员工在规定出勤时间内按时到岗，未出现迟到、早退、旷工等违反考勤纪律的情况。
- 年假性质：年休假是法律赋予劳动者的合法权益，是劳动者可以正常享受的带薪休息时间，不属于无故缺勤或违反考勤规定的行为。因此，从逻辑上讲，休年假并不违反全勤的定义，也不应被视为缺勤行为。
三、年假与全勤奖的关系
- 法律虽未直接规定休年假是否影响全勤奖发放，但基于年假的带薪性质和全职工作的认定，实践中普遍认为休年假不应影响全勤考核。
- 用人单位若以员工休年假为由扣减全勤奖，可能构成对员工合法权益的侵害，且此类规定可能因违反法律法规而无效。
四、特殊情况考虑
- 若员工在休年假的同时存在其他缺勤情况（如病假、事假等），这些缺勤可能会影响到全勤保底工资的发放。但这与仅因休年假而被扣减全勤奖的情况不同，公司应合理区分员工的不同缺勤类型，并依据合法有效的规章制度进行考勤管理和奖金发放。
- 部分用人单位规章制度：虽然从法律和普遍认知角度看，年假应计入全勤，但实际操作中需考虑用人单位的规章制度或劳动合同中的特殊约定。如果用人单位依法制定的规章制度中明确规定年休假不计入全勤，并且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定，向劳动者公示或告知），内容不违反法律法规的强制性规定，那么在该单位内部可能会按照此规定执行。然而，这种特殊规定相对较少，且可能面临法律风险，因为它可能与年休假制度保障劳动者权益的初衷相悖。
五、综合建议
- 查看公司规定：首先，员工应查阅公司关于全勤和年假的具体规定，确保自身权益不受侵害。
- 沟通协商：若公司规定与法律法规相悖，员工可与公司进行沟通协商，要求修正不合理规定。
- 法律维权：在必要时，员工可通过劳动仲裁等法律途径维护自身合法权益，确保休年假不影响全勤认定及相应福利待遇的发放。
综上所述，年假调休通常应算全勤，且公司应按照全勤标准支付相应的全勤奖或其他福利待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。