仅通过短信通知流量超了，在大多数情况下是合法的，但具体合法性还需结合合同条款和实际情况来判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合同条款的约定
合同内容：首先，需要查看用户与运营商之间签订的合同或服务协议中，是否有关于流量超限通知方式的具体约定。如果合同中明确规定了运营商可以通过短信方式通知用户流量超限，那么运营商的行为就是合法的。
合同变更：如果合同中没有明确约定通知方式，但运营商在后续服务中通过短信方式通知用户，并且用户没有对此提出异议或拒绝接受，那么可以视为双方对合同内容进行了变更或补充，运营商的行为同样可能被视为合法。
二、通知方式的合理性
普遍性：短信通知是一种普遍且便捷的通信方式，广泛应用于各种服务场景中。运营商选择短信作为通知方式，通常是基于其高效、便捷和普遍接受的特点。
及时性：对于流量超限这类需要及时处理的问题，短信通知能够迅速将信息传达给用户，使用户能够及时采取措施避免额外费用或服务中断。
三、用户权益的保障
知情权：用户有权知道自己的流量使用情况，包括是否超限。运营商通过短信通知用户流量超限，是保障用户知情权的一种方式。
选择权：如果用户对运营商的通知方式有异议或不愿意接受短信通知，可以与运营商协商变更通知方式或选择其他服务。运营商应当尊重用户的选择权，并提供合理的解决方案。
四、特殊情况下的合法性
紧急情况：在紧急情况下，如用户流量即将耗尽且无法及时通过其他方式通知用户时，运营商通过短信通知用户流量超限可能是必要的，且在这种情况下通常被认为是合法的。
用户同意：如果用户事先同意运营商可以通过短信方式通知流量超限等事项，那么运营商的行为就是合法的。这种同意可以是明示的，也可以是默示的（如用户未提出异议或拒绝接受）。
五、可能存在的法律风险及建议
法律风险：如果运营商未经用户同意或违反合同约定，擅自通过短信方式通知流量超限，并因此给用户造成损失或不便的，用户有权要求运营商承担相应的法律责任。
建议：为了避免不必要的纠纷和损失，建议用户在签订合同或服务协议时仔细阅读相关条款，了解运营商的通知方式和责任范围。同时，用户也可以根据自己的需求和偏好与运营商协商变更通知方式或选择其他服务。
总结来说，仅通过短信通知流量超了在大多数情况下是合法的，但具体还需结合合同条款和实际情况来判断。如果用户对此有疑问或担忧，可以直接向我咨询相关法律问题，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。