交通罚款仅通过短信通知是合法的，但这一合法性需要结合具体的情境和法律规定来详细解释。

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例明确规定了交通管理部门有权采用多种形式通知车主其交通违法行为。短信通知，作为一种便捷且高效的通知方式，完全符合信息化时代高效便民的行政管理原则，并且不违反任何法律规定。因此，交通管理部门通过短信方式通知车主交通违法行为，包括罚款信息，是合法的。

其次，短信通知的目的在于及时让车主知晓自己的交通违法行为，以便车主能够了解情况并按规定接受处理。这种方式不仅提高了交通管理的效率，还有助于维护良好的交通秩序。车主在收到短信通知后，应当及时确认并处理，以避免可能的处罚和进一步的法律后果。

然而，需要强调的是，短信通知虽然是一种告知手段，但它并不能作为认定交通违法行为的唯一证据。交通违法行为的最终认定需要依据现场照片、视频监控等客观证据，并且交通管理部门在处理违章时必须严格遵循法定程序。这意味着，即使车主收到了罚款的短信通知，如果对违法行为有异议，仍然有权向交通管理部门咨询或提出申诉，并通过提供相关证据来维护自己的合法权益。

此外，对于车主而言，在收到交通罚款的短信通知后，应当首先确认短信的真实性，以防诈骗信息。确认无误后，车主需要按照短信提示或交通管理部门的要求，在规定的时间内到指定的地点接受处理。如果车主认为罚款有误或存在其他特殊情况，应当及时与交通管理部门沟通并寻求解决方案。

综上所述，交通罚款仅通过短信通知是合法的，但车主在收到通知后应当积极配合交通管理部门的工作，及时处理违章事宜，并在有异议时及时提出申诉以维护自己的合法权益。