关于工程罚款不能超过工程款的多少这一问题，这并非一个简单的固定数值问题，而是需要综合多方面因素来综合考量的。

首先，我们要明确的是，工程罚款的设定首先应遵循合同中的明确约定。如果合同中有详细规定罚款的数额或计算方式，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么我们就应当依照合同来执行。在合同中，罚款的设定通常应遵循公平合理与约定俗成的原则，以避免出现显失公平或违约金过高的情况。虽然行业惯例中常认为罚款总额不宜超过合同总金额的5%左右，但这并非绝对标准，而是需要根据具体情况进行灵活判断。

接下来，我们来看看相关法律法规对此有何规定。根据《中华人民共和国民法典》中关于违约金的规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。如果约定的违约金低于造成的损失，人民法院或仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；如果约定的违约金过分高于造成的损失，同样可以根据当事人的请求予以适当减少。在工程合同中，罚款的性质类似于违约金，因此当罚款金额明显超过因违约行为给对方造成的实际损失时，违约方有权请求法院或仲裁机构予以适当调整。

此外，虽然建设工程相关法规及规范性文件并没有直接明确罚款上限的具体数额，但一些地方的建设工程管理规定或规范性文件对建设工程领域的违约责任、处罚等作出了原则性规定，要求处罚应与违约行为的性质、情节以及造成的损失相适应。例如，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，工程类合同如施工方违约，一般的处罚办法是按日处罚，但处罚总金额不超过合同总价的5%。

在特殊情况下，如未按规定申领施工许可证、施工单位违规操作、发包单位违规发包等，罚款的具体金额会根据违规的严重程度和造成的损失来确定。虽然这些情况下没有固定的罚款上限，但同样应遵循公平合理、与违规行为相匹配的原则进行判定。

在实际操作中，为了确保罚款的数额既合理又合法，我建议双方在签订合同时就明确约定罚款条款，并确保其符合法律法规的要求。在发生违约行为时，及时收集证据以便准确评估实际损失和罚款的合理性。如果对罚款数额存在争议，应及时寻求法律途径解决以维护双方的合法权益。

综上所述，工程罚款的上限是一个综合考量的结果，需要综合考虑合同约定、相关法律法规以及违规行为的性质和严重程度。在实际操作中，我们应确保罚款的数额既合理又合法，以维护工程建设领域的秩序和双方的合法权益。