长期工干了两个月后离职，单位在正常情况下不应扣工资。但在特定情况下，如劳动者给单位造成经济损失、违反服务期约定或劳动合同及规章制度有明确规定时，单位可能会依法依规扣除部分工资。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况：单位应依法支付工资
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者按时按量付出了劳动，无论工作多久，单位都应按时足额支付其工资。
正常离职不扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位（试用期为提前三天），可以解除劳动合同。如果劳动者依法提前通知并离职，且未给用人单位造成经济损失，用人单位不得无故扣除工资。
二、特殊情况：单位可能依法扣除部分工资
经济损失赔偿：
- 如果劳动者在工作期间因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿。赔偿金额可从劳动者工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
违反服务期约定：
- 如果用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者订立协议约定服务期，劳动者违反该约定时，需按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
合同约定与规章制度：
- 若劳动合同中明确规定了提前离职的违约金计算方式，且合法合理，用人单位可按此执行，但扣除部分同样不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若用人单位的规章制度中规定了提前离职的扣除工资标准，且不违反法律法规的强制性规定，也可作为扣除工资的依据，同样受限于20%的上限。
三、未签订劳动合同的情况
未签劳动合同的法律后果：
- 用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。未签订书面劳动合同并不免除用人单位支付工资的责任。劳动者可以随时解除劳动关系，且用人单位不得因劳动者未提前通知或立即离职而扣除工资。
双倍工资差额补偿：
- 对于未签订书面劳动合同的情况，劳动者可以要求用人单位支付未签订书面劳动合同期间的双倍工资差额作为补偿。
四、维权途径
如果用人单位随意扣工资，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位沟通，寻求和解。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未果，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径解决争议。
- 诉诸法院：如果仲裁结果不满意，还可以向法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
总结来说，长期工离职后单位是否会扣工资取决于多种因素，包括劳动合同的约定、用人单位的规章制度以及劳动者离职的具体情况。在正常情况下，单位应依法支付劳动者应得的工资；但在特殊情况下，单位可能会依法依规扣除部分工资。对于未签订劳动合同的情况，劳动者享有特定的法律保护。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。